我國經濟部於2009年7月30日發佈「專利審查基準第二篇發明專利實體審查」之部分內容修正案，並於同日生效。此次修正案重點摘要如下：
- 審查發明專利申請案之新穎性時，應以引證文件中所公開之內容為準。如果引證文件中所公開之內容包括圖式，則由圖式推測的內容，例如，從圖式直接量測之尺寸（如厚度的量測），常因影印之縮放造成誤差，不宜直接引用作為核駁之依據。
- 在臺灣申請專利應使用中文，已核準專利之中文本說明書若與外文本說明書或優先權證明文件內容不一致時，應以中文本說明書為依據，而外文本說明書或優先權證明文件不得做為誤記事項訂正的依據。
- 發明專利實體審查之審查注意事項中新增「(8)更正案審查中，專利權當然消滅者，仍應續行審查，並將當然消滅之事實於處分書中併同說明」。換言之，無論專利權是否消滅（例如，專利權期滿，未付年費等），智慧財產局仍應續行審查更正案（又，在舉發案中，無論專利權是否消滅，智慧財產局仍應續行審查舉發案）。
- 發明專利申請案實質上屬兩個以上之發明者，得為分割之申請，原申請案（母案）以修正案之程序續辦，分割案（子案）就原申請案已完成之程序續行審查。
分割案得以原申請案之申請日為申請日，分割後之原申請案及分割案說明書或圖式不得超出原說明書或圖式所揭露之範圍。
審查原申請案及分割案時，在以下之情況審定不予專利：(a) 原申請案及分割案之說明書或圖式若超出該原說明書或圖式所揭露之範圍者，通知申請人申復、另案申請或補充、修正說明書或圖式，而屆期未申復、未另案申請或補充、修正者，或申復無理由者；(b) 分割案與原申請案之申請專利範圍有重疊而導致重複專利的情況，通知申請人限期擇一申請，而屆期未擇一申請者；(c) 分割案經審查後認有不合實體要件者。
