為實施無紙化作業，智慧財產局於2008年8月26日開始接受專利商標的電子申請案件。惟因早期電子申請系統所用編輯程式並非一般通用WORD軟體，尤其對於專利說明書格式有若干限制，操作流程也較繁雜，且提供服務時間有限（只能在上班時間電子送件），而致使用率不高。因此智慧財產局陸續不斷改進相關程式和系統，並於2014年1月啓用電子公文送達制度。隨後電子申請系統於2016年1月開始提供24小時服務，最近又於2020年1月3日更新改版電子申請系統。根據智慧財產局統計至2019年底專利新申請案利用電子申請的比率達79%，而商標新申請案利用電子申請的比率達78%。另因電子申請的相關操作程序和軟體作業系統日趨成熟穩定，所以申請人普遍上已可接受使用線上申請專利商標。
| 電子申請 | 專利 | 商標 |
|---|---|---|
| 申請依據 | 專利電子申請及電子送達實施辦法 | 商標電子申請及電子送達實施辦法 |
| 適用申請書 | 新申請案、修正、變更等多種申請書 | 新申請案、補正、變更等多種申請書 |
| 申請規費 （新申請案可減收規費，專利新案減收NT$600，商標新案減收NT$300） | 發明專利NT$2900 新型專利NT$2400 設計專利NT$2400 其他電子申請與紙本申請為相同規費 | 商標註冊NT$2700 （指一案同類20個商品以下） 其他電子申請與紙本申請為相同規費 |
對於專利或商標的新申請案，如以電子方式提出，應注意圖檔解析度與大小。例如商標圖樣需為300dpi以上、5cm X 5cm ～ 8cm X 8cm之正方形圖片；專利圖式需為300dpi以上、8cm X 8cm ～ 24.5cm X 17cm之圖片，如數學式或化學結構式則為96dpi以上、1.2cm X 0.5cm ～ 8cm X 17cm之圖片。尤其專利有時因說明書或圖式不符合電子申請格式，而需花費較多時間處理，申請人應儘早在期限前提出申請。若當天才決定申請專利，而說明書或圖式頁數較多、化學式或圖式等問題需費時處理，則可利用紙本方式提出以確保申請日。
如用電子申請專利，依專利法規定之說明書(申請專利範圍和摘要)及必要圖式，申請人仍可先以外文本提出，取得案號和申請日後，再於期限內以電子申請格式補正中文本，以完成電子申請程序，如此才可減收申請規費。無論電子申請或紙本申請，依專利法第11條第2款及商標法第6條，外國申請人向臺灣申請專利或商標皆需委任臺灣代理人辦理申請。
智慧財產局對於電子申請已提供各類書表，惟現行規定僅對以電子申請之專利及商標的新申請案享有減收規費之優惠。對於已提出電子申請之案件，其後續之審查意見（official action）或修正等手續，智慧財產局未限定必須使用電子方式提出，且該等手續即使以電子方式提出亦不享有任何減收費用。
