按專利（含發(fā)明、新型、設(shè)計）及商標均為工業(yè)財產(chǎn)權(quán)最重要的一環(huán)，二者法律及適用、申請人均相同或近似，且其主管機關(guān)在臺灣均為經(jīng)濟部屬下之「智慧財產(chǎn)局」，該局內(nèi)主管專利者為專利一組、專利二組及專利三組；商標主管者為商標權(quán)組。儘管如此，對專利商標從業(yè)人員而言，專利組與商標權(quán)組有些實務(wù)處理仍然不同。
臺灣專利商標在實務(wù)上不同之處大致如下（法律不同處不在論述內(nèi)）：
| 內(nèi)容 | 專利實務(wù) | 商標實務(wù) | |
|---|---|---|---|
| 1 | 優(yōu)先權(quán)與申請人之關(guān)係 | 。主張優(yōu)先權(quán)之申請人與優(yōu)先權(quán)案之權(quán)利人原則上應相同；但實務(wù)上可以不同，亦不必提出說明或證明有讓與行為 | 。主張優(yōu)先權(quán)之申請人與優(yōu)先權(quán)案之權(quán)利人原則上應相同；如不相同，需提出說明或證明有變更名稱或移轉(zhuǎn) |
| 2 | 優(yōu)先權(quán)證明書之提出 | 。必須在期限內(nèi)提出優(yōu)先權(quán)證明書正本或掃瞄本（必須以電子送件方式提出） 。主張日本優(yōu)先權(quán)僅須填寫存取碼（Access Code），主張韓國優(yōu)先權(quán)僅須寫電子交換，不必提出優(yōu)先權(quán)證明書之正本或任何文件 | 。優(yōu)先權(quán)證明書可以提出影本，不必正本 。主張歐盟及紐西蘭優(yōu)先權(quán)者可由臺灣代理人自行自歐盟及紐西蘭之智慧局影印優(yōu)先權(quán)文件並提出即可 |
| 3 | 異動事項登記 (申請人名義、地址或代表人、讓與或移轉(zhuǎn)、合併等) | 。如異動之前與後的各案事實相同者，對申請人名義、地址、代表人之變更登記可用一文多案申請，TIPO也僅發(fā)一公文準予登記 。對專利讓與(合併)之登記必須每一案個別申請，不得一文多案，TIPO會對個案分別發(fā)公文準予讓與登記，並換發(fā)專利證書給受讓人（新的專利權(quán)人） | 。如異動之前與後的各案之事實相同者，對申請人名義、地址、代表人之變更登記可用一文多案申請，TIPO也僅發(fā)一公文準予登記 。對商標移轉(zhuǎn)(合併)之登記可用一文多案申請，TIPO也僅發(fā)一公文準予登記，且不另換發(fā)商標註冊證給受讓人（新的商標權(quán)人） |
| 4 | 特別代理人(非原登記之代理人) | 。對於專利權(quán)（或?qū)＠暾垯?quán)）的各項變更或讓與（合併）皆可由特別委任非原登記的其他代理人辦理申請而不必管理（take over）該專利案 。惟讓與（合併）後如該案為已準專利，則智慧局在準予讓與登記之公文上會提醒該案處於無代理人狀態(tài)；如該案尚未準專利，則智慧局在準予讓與登記之公文上會要求受讓人(亦即讓與後的新申請人)必須指定代理人（可為原代理人或新代理人）續(xù)行代理該案各申請事項 | 。對於商標權(quán)（或商標申請案）的各項變更（移轉(zhuǎn)除外），可特別委任非原登記的其他代理人辦理申請而不必管理（take over）該商標案 。對於辦理商（（或商標申請案）的移轉(zhuǎn)（合併）之代理人，其必須承接（take over）該商標權(quán)（或商標申請案）成為代理人 |
| 5 | 異議制度 | 。專利沒有異議制度，只能提起舉發(fā) | 。商標有異議制度及評定制度 |
| 6 | 撤銷制度 | 。專利舉發(fā)撤銷程序中，舉發(fā)人必須在提出舉發(fā)時或三個月內(nèi)補提理由或證證，被舉發(fā)人（專利權(quán)人）需一個月內(nèi)（可展期）提出答辯；嗣後智慧局於審查期間，如需要而通知舉發(fā)人或被舉發(fā)人限定一個月內(nèi)提出陳述意見或補充答辯，雙方只能針對審查委員所載事項來補充新證據(jù)/理由或補充答辯，不能超出該事項 | 。商標異議及評定制度中，異議人/被異議人或評定人/被評定人，均可在未審決前補充新證據(jù)及理由，雙方交互攻防，至少二次以上 |
| 7 | 第三者意見書提出人 | 。第三者意見書不可用匿名提出 | 。第三者意見書可用匿名提出 |
