關於臺灣海關所執行的保護智慧財產權邊境管制措施，主要依據係現行商標法，以及基於商標法由財政部所制訂之「海關執行商標權益保護措施實施辦法」。於該實施辦法中，除明定商標權人如何申請提示保護外，於海關在執行職務時如發現顯然可能侵害商標權之進出口貨物時，應主動通知商標權人限期認定有無侵權及提出證明，也應同時通知進出口人限期提出無侵權證明。海關依商標權人提供之侵權事證（且進出口人未提出無侵權證明），可採行暫不放行措施，並將全案移送司法機關偵辦。
按上述商標權提示保護，係財政部關務署之海關登錄智慧財產權資料庫之機制，藉由商標權人向海關提示申請登錄的商標權資訊，可提高海關判斷或辨別貨物是否為仿冒品。提示保護期間為海關核準提示保護之日起至商標權期限屆滿之日止。按商標權期間為十年，商標權人於每十年屆滿前可向智慧財產局申請商標權延展，因而所辦理的提示保護期間也可向海關申請延長至該商標權延展後之期間。惟如海關無法聯繫商標權人或代理人等事由，則得提前終止提示保護期間。
商標權人向財政部關務署申請提示保護之注意事項和所需資料如下：
- 提示保護之申請為一案一商標（每件申請案限於一件商標註冊號數）。
- 申請書應記載商標權和權利人之相關資訊（包括聯絡方式）。
- 足供海關辨認真品及侵權物特徵之文字說明。
- 足供海關辨認真品及侵權物特徵之影像電子檔（例如真品、仿品或真仿品對照之照片或型錄等），且影像內容應為商標註冊指定使用之商品項目。
- 商標權證明文件（例如商標註冊證）。
- 委任書（如商標權人委任代理人提出，應同時檢附代理權限之委任書）。
由於海關貨物進出口皆有時效控管，商標權人必須在接獲海關通知書後24小時（指海運進出口及空運進口；如空運出口，則僅4小時）內，到海關現場查驗或透過海關電子平臺提供的照片檢視，進行認定侵權與否，並於通知書送達起3（可延至6）個工作日內提出仿冒品之侵權證明。倘若進出口人於該3或6日內提出無侵權證明，商標權人可在接獲通知之日起3個工作日內申請先查扣貨物，且提供貨物相等價格之保證金或其相當之擔保（被查扣人如請求廢止查扣，可提供二倍價格或相當之擔保，並依規定辦理貨物通關）。商標權人必須在海關受理查扣之翌日起12日內向法院提起訴訟。如未依規定辦理查扣或提起訴訟，或訴訟經法院裁定駁回確定者，海關將放行貨物。
實務上，海關查獲疑似仿冒品大部分為境外製造輸入臺灣之商品。無論商標權人是否申請商標權提示保護，海關於執行職務發現疑似有侵害商標權之物品，仍會主動通知商標權人或其代理人。但商標權人如為外國公司，關務署的海關人員有時通知之商標代理人（智慧財產局於網站上所登錄之代理人）並未被授權協助進行海關邊境管制措施。因此商標權人對於進出口貨物有侵害其商標權之虞，得檢附相關文件向海關申請提示保護，以協助海關通知、貨物查扣等等程序之時效，加強維護商標權人自身權益。
