按申請專利時申請人需將其發明明確記載並作充分揭露，以使該發明所屬領域中具有通常知識者瞭解發明內容並據以實施，惟對於微生物或生物材料之相關發明，通常無法僅由文字記載而達到發明充分揭露之目的，因此對於該生物材料非該發明所屬技術領域中具有通常知識者易於獲得者，大部份世界各國專利法皆要求申請人將微生物或生物材料作寄存，以便專利公開或核準公告後可依分讓申請來提供該微生物或生物材料給公眾。為免除申請人於申請各國發明專利時，對於相同之微生物或生物材料需分別在各國作寄存，世界主要國家於1977年4月28日簽訂《布達佩斯條約》(Budapest Treaty on the International Recognition of the Deposit of Microorganisms for the Purposes of Patent Procedure)，目前該條約有79個締約國包含44個國際寄存機構 (International Depositary Authority, IDA)，申請人只要在其中一個IDA作寄存即可被各締約國承認寄存效力。
臺灣專利法也規定有關生物材料或利用生物材料之發明需寄存生物材料，如該發明為第一次申請，最遲應於申請日將該生物材料寄存於國內寄存機構 ; 即使申請人在申請臺灣專利之前已將該生物材料寄存於國外寄存機構，但由於臺灣非屬《布達佩斯條約》締約國，而無法請求分讓寄存在國際寄存機構的生物材料，申請人仍需於申請臺灣專利後四個月內(或最早優先權日後十六個月內)寄存於國內寄存機構。依臺灣現行專利法，除非申請人將生物材料寄存在與臺灣有相互承認寄存效力之外國所指定其國內之寄存機構，才可不受應在臺灣寄存生物材料之限制。
因此，對於來臺灣申請專利之外國申請人而言，目前皆需進行重複寄存生物材料，而當中日本申請人佔多數。由於臺灣和日本經貿來往密切，雙方已於2014年11月20日簽署合作備忘錄相互承認生物材料寄存。智慧財產局近日已公佈與日本特許廳相互合作之作業要點將於2015年6月18日起實施。今後申請人在臺灣或日本申請專利之前，只需在其中一方寄存生物材料即可互相承認。在臺灣之生物材料寄存機構為「財團法人食品工業發展研究所 (FIRDI)」，在日本之生物材料寄存機構則為「獨立行政法人製品評價技術基盤機構特許生物寄存中心（NITE-IPOD）」和「獨立行政法人製品評價技術基盤機構特許微生物寄託中心（NPMD）」。
根據該作業要點，生物材料之寄存係依寄存地之規定辦理，惟有關得申請分讓之人及得申請分讓之事由，因涉及相關專利申請案之審查時程及結果，而應依專利申請案所在地之規定辦理。另外，對於雙方之寄存機構如喪失指定寄存機構資格或無法執行生物材料之寄存(或分讓)時， 得經任一方相關機構指定(或將生物材料移交)其他寄存機構。
宜注意的是，雖然無需重複寄存生物材料，但申請人仍需依專利法規定檢送寄存證明文件。亦即，申請人如已將生物材料寄存於日本，在臺灣申請專利無需再寄存該生物材料，但需於申請臺灣專利後之四個月(或最早之優先權日後十六個月)內檢送由日方出具之寄存證明文件，並載明寄存機構、日期和號碼 ; 而如申請人是在臺灣寄存生物材料，再到日本申請專利，則申請人提出該日本專利申請案同時需檢送臺灣之寄存證明文件。
