近年來智慧財產局實施多種措施以簡化專利及商標之申請相關程序，尤其為提高發明專利審查效率而推行加速審查作業方案(Accelerated Examination Program，簡稱AEP)並與外國專利主管機關簽訂專利審查高速公路 (Patent Prosecution Highway, 簡稱PPH)合作計畫。依智慧財產局日前公布之2016年年度報告，我國專利商標申請之審查相關期間如下各表。
一般申請案
| 申請種類 | 平均首次審查意見通知期間 | 平均審結期間 |
|---|---|---|
| 發明專利申請案 | 12.0月 | 19.8月 |
| 新型專利申請案 | * | 2.5月 |
| 設計專利申請案 | 5.3月 | 6.9月 |
| 商標申請案 | 5.4月 | 8.6月 |
備註：審結包含核準、放棄或其他 *我國新型專利僅進行形式審查
提出AEP申請之發明專利申請案
| 申請事由 | 平均首次審查意見通知期間 | 平均審結期間 |
|---|---|---|
| 事由1 | 2.4月 | 5.7月 |
| 事由2 | 2.7月 | 7.9月 |
| 事由3 | 4.5月 | 9.4月 |
| 事由4 | 3.4月 | 8.2月 |
備註：
事由1 – 對應外國專利申請案已由外國專利主管機關進行實體審而核準者
事由2–對應外國專利申請案已收到美日歐專利主管機關發出審查意見及檢索報告但尚未審定者
事由 3 – 所請發明為商業上之實施所必要者
事由 4 – 所請發明為綠能技術相關者
提出PPH申請之發明專利申請案
| 申請類別 | 平均首次審查意見通知期間 | 平均審結期間 |
|---|---|---|
| 臺美PPH | 1.8月 | 4.7月 |
| 臺日PPH | 1.9月 | 4.4月 |
備註：目前與我國簽訂PPH合作計畫之國家包括美國、日本、西班牙、南韓及波蘭，
而向智慧財產局提出之我國PPH申請案以臺日PPH及臺美PPH居多。
此外，對於我國專利商標案件之各項申請，智慧財產局另訂有預定處理期間，主要項目參見下表。如與上列各表比較，可發現其中之發明專利申請案，智慧財產局於2016年之平均審結期間較預定之處理期間縮短，因此申請人可多利用AEP或PPH之加速審查機制，以早日取得其發明之專利保護。
| 申請事項 | 處理期間 |
|---|---|
| 發明專利申請案 | 12至36個月 （依專利技術領域及案件內容複雜度而定，通常生物技術和醫藥相關之發明案件所需審查時間較長） |
| 新型專利申請案 | 6個月 |
| 設計專利申請案 | 6 至12個月 |
| 專利舉發案 | 15個月 |
| 商標註冊申請案 | 8個月 |
| 商標延展案 | 2個月 |
| 商標異議案 | 5個月 |
| 商標評定案 | 6個月 |
| 商標廢止案 | 6個月 |
