專利法修正草案於98年12月由行政院送請立法院審議，目前仍因各界對於其中開放動植物專利尚存有疑慮，而致專利法修正草案迄今已二年遲遲無法通過立法院三讀程序。
對於開放動植物專利議題，智慧財產局於專利修法期間前後於95年5月和100年8月召開二次公聽會，並將公聽會會議紀錄、相關政策說明和修正條文等皆公佈於網站上。有關動植物專利之開放，最初為農委會及行政院科技顧問組經跨部會研討，經評估國內經濟與技術水平，和先進國家之對於動植物專利保護情形，最後決定推動開放動植物專利保護，以促進國內生技產業和研發，而由智慧財產局搜集資料研擬相關之專利法條文草案。
按國內產業界和學術界對於開放動植物專利各有支持和反對意見，其中部分反對者擔憂動植物基因改造所產生之問題，智慧財產局表示專利為對於前端之技術研發新品種給予保護，對於基改技術如涉及道德倫理和生態破壞污染等問題，為屬於後端管理之不同階段問題。
至於大多數反對者所提及植物新品種已有現行種苗法和品種法之保護，如開放植物專利將造成跨國大公司壟斷植物品種市場，阻礙國內中小型種苗公司和農民之生存等議題，智慧財產局表示品種權和專利權之申請要件和權利範圍略有不同，發明人或企業可依據研發之技術來選擇對其最有利之保護 ; 另外專利法修正草案有納入研發新品種免責規定和農民留種自用免責規定，惟部份學者和業界認為此二項免責規定仍有爭議，前者限制育種家研發出來之新品種不能販賣和後者無法擴及至育苗場，因此智慧財產局將彙整各方意見提請行政院科技顧問組再進行跨部會討論以作決定。
