鑒於商標註冊申請案審查階段，第三人提出的意見書可協助審查證據之調查與釐清，智慧財產局參照行政程序法第三十六條依職權調查證據的規定，訂定「商標註冊申請案第三人意見書作業要點」並於2019年6月20日公布生效，其要點說明如下：
- 「第三人意見書」之提出人可為商標申請案申請人以外的任何人，且不以具名為必要。
- 系爭商標申請案僅限於審查中的商標註冊申請案（包括一般商標、團體商標、團體標章、證明標章），亦即「第三人意見書」之提出必須在該申請案於處分或審定之前提出（提出之後，第三人如有補充意見和證據，也必須在處分或審定之前提出）。若商標申請案已核準或核駁審定者，則不予處理。
- 主張該商標申請案不得註冊的事由包含（一）不具識別性，（二）他人有先使用商標之情形，（三）意圖仿襲之申請註冊，（四）著名商標或標章，（五）侵害他人著作權、專利權或其他權利，（六）其他不得註冊的事由。提出人可主張單一或多項不得註冊事由。
- 第三人意見書應以書面提出，以光碟或電磁紀錄方式者，審查人員得不採用。第三人意見書之提出無需繳納規費，但需檢附相關證據。
- 智慧財產局於收到第三人意見書認為其可為商標申請案不得註冊之有效證據者，必須將其轉知商標申請人陳述意見，否則不得將其作為核駁審定之認定基礎。
- 智慧財產局於收到第三人意見書後，是否採認其內容及對於商標申請案作成的最終審查結果，皆不予回覆第三人。
- 第三人提出意見書之後，對於商標申請案如最後為核準審定之結果，可另案提出異議或申請評定。
按上述第三人意見書雖僅供審查參考，但審查人員可利用第三人提供的資訊，提高我國商標註冊之合法性，尤其避免惡意申請。對於不符合商標註冊要件且可能影響第三人權益者，相較於審查核準或已註冊之商標需另案以異議或評定方式來申請撤銷註冊，此第三人意見書機制可較為節省時間和成本。
